La serie racconta le avventure di un gruppo di scienziati e militari che hanno intrapreso un viaggio di sola andata verso la città perduta di Atlantide, situata nella Galassia di Pegaso. Come nel caso delle squadre SG di Stargate SG-1, l'utilizzo del portale ha posto l'umanità in contatto con altre culture, alcune umane e altre aliene, alcune amiche e altre ostili.